Ho riprovato e capito il problema.
Se ho due finestre del file manager aperte e cerco di copiare un file da una finestra all'altra, non ho nessun problema se i file/cartelle nella finestra di destinazione sono pochi e resta spazio vuoto nella finestra sotto i file dove poter clickare senza selezionare niente dentro la finestra di destinazione. Se invece nella finestra di destinazione ci sono molti file non trovo modo di fare apparire nel menù contestuale il comando "incolla" perchè qualsiasi click seleziona un file o cartella dentro la finestra di destinazione ed i comandi che compaiono nel menù diventano quelli riferibili al file o cartella selezionato. Si può ovviare salendo di livello ed utilizzando il comando "incolla nella cartella", che non sapevo esistesse. Anzi, visto che c'è questo, non c'è motivo di entrare nella cartella di destinazione per incollare.
Tra i file manager per Linux non ce ne sono che hanno il comando "copia in"?
Sarebbe utile per cercare in modo più diretto nel file system la cartella di destinazione senza dover fare prima "copia" e poi aprire una nuova finestra del file manager.